Ειδικότερα, οι ΕΠΜ καθορίζουν ένα
θεσμικό πλαίσιο οριοθέτησης και θεσμοθέτησης διαβαθμισμένων ζωνών
προστασίας, θέτοντας σαφείς όρους και κανόνες για τις χρήσεις γης και
την οικονομική δραστηριότητα στις προστατευόμενες περιοχές. Σύμφωνα με το ΥΠΕΝ, με γνώμονα την
προστασία των οικοσυστημάτων και των ειδών που φιλοξενούν, θα υποδείξουν
εάν και ποιες ανθρωπογενείς δραστηριότητες επιτρέπονται στις επιμέρους
ζώνες κάθε περιοχής.
Τα Σχέδια Διαχείρισης θα εξειδικεύσουν τα κριτήρια και τους όρους άσκησης των επιτρεπόμενων ανθρωπογενών δραστηριοτήτων στις επιμέρους περιοχές της κάθε μελέτης. Σε αυτά περιλαμβάνονται σχέδια δράσης στα οποία εξειδικεύονται: τα αναγκαία μέτρα, τα έργα και τα προγράμματα, οι φάσεις, το κόστος, οι πηγές, οι φορείς χρηματοδότησης, το χρονοδιάγραμμα εκτέλεσης, οι φορείς εφαρμογής.