Παρά την θύελα αντιδράσεων από την τοπική κοινωνία το υπουργείο δηλώνει αδυναμία να προχωρήσει σε έκδοση της Υπουργικής Απόφασης αναστολής οικοδομικών αδειών στην περιοχή καθώς δεν του έχει παραδοθεί ακόμη από τον δήμο το ακριβές περίγραμμα προστασίας για το Σαρακήνικο (το πολύγωνο με τις συντεταγμένες που φαίνεται ότι πρότεινε το ΣΧΟΟΑΠ)
Στο πλαίσιο αυτό ο Γενικός Γραμματέας Χωρικού Σχεδιασμού και Αστικού Περιβάλλοντος του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας απέστειλε στις 7.2.2025, έγγραφο με την ένδειξη «εξαιρετικά επείγον» και στις επτά Αποκεντρωμένες Διοικήσεις της χώρας, ζητώντας στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων τους να υποδείξουν τις περιοχές με ιδιαίτερα τοπία, στις οποίες πρέπει να υπάρξει προστασία μέχρι την ολοκλήρωση του πολεοδομικού σχεδιασμού, για να μην σημειωθούν και άλλα «Σαρακήνικα». Η ανταπόκριση μέχρι σήμερα μπορεί να χαρακτηριστεί «περιορισμένη».
Σύμφωνα με τον υπουργείο η Μήλος διαθέτει περιοχές Natura πάνω από 30% της συνολικής έκτασης του νησιού, βάσει της προβλεπόμενης διαδικασίας, η έγκριση της Στρατηγικής Μελέτης Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων (ΣΜΠΕ) του ΣΧΟΟΑΠ, γίνεται από τη Διεύθυνση Περιβαλλοντικών Αδειοδοτήσεων (ΔΙΠΑ) του Υπουργείου. Όντως, την 1η.6.2023 υποβλήθηκε από τον Δήμο Μήλου στη ΔΙΠΑ η εν λόγω ΣΜΠΕ. Η Διεύθυνση του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας, αφού εξέτασε τον φάκελο της σχετικής ΣΜΠΕ, την έθεσε σε δημόσια διαβούλευση (7.7.2023) και κατόπιν γνωστοποίησε στον Δήμο Μήλου (23.1.2024) τις αρνητικές γνωμοδοτήσεις, που έκαναν λόγο για «ουσιώδεις παραλείψεις του σχεδιασμού αναφορικά με την προστασία αρχαιολογικών χώρων και της γεωργικής γης υψηλής παραγωγικότητας». Έκτοτε, ο Δήμος Μήλου δεν έκανε καμία περαιτέρω ενέργεια για την έγκριση του ΣΧΟΟΑΠ, με αποτέλεσμα να μην ολοκληρωθεί στην προθεσμία που όριζε το θεσμικό πλαίσιο, με καταληκτική ημερομηνία την 31η Μαρτίου 2024.
Σημειώνεται ότι ο πολεοδομικός σχεδιασμός, πλέον εξελίσσεται μέσω Ειδικού Πολεοδομικού Σχεδίου, στο πλαίσιο του προγράμματος «Κωνσταντίνος Δοξιάδης».
