Το συγκρότημα των Καπναποθηκών αποτελείται από το βόρειο, κτήριο Α, επί των οδών Ανδρούτσου και Έλλης, και το νότιο, κτήριο Β, επί των οδών Έλλης και Παρόδου Αβδήρων. Το 1991, τα κτήρια χαρακτηρίστηκαν ιστορικά διατηρητέα μνημεία. Το 1993, η Κτηματική Εταιρεία του Δημοσίου παραχώρησε στο υπουργείο Πολιτισμού κατά χρήση επ' αόριστον τα 5/7 του κτηρίου A. Τα 2/7 άνηκαν σε ιδιώτες, οι οποίοι το 2002 παραχώρησαν τα ποσοστά τους στο Ελληνικό Δημόσιο.
Το κτηριολογικό πρόγραμμα της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ξάνθης με την κατανομή των λειτουργιών του Μουσείου στα δύο όμορα κτήρια των Καπναποθηκών, συνολικού μεικτού εμβαδού 1.100 τ.μ., προβλέπει:
-Το Κτήριο Α, στη στάθμη του υπογείου περιλαμβάνει αίθουσα πολλαπλών χρήσεων, υποδοχή, κοινόχρηστους χώρους, προσβάσεις/ανελκυστήρα, χώρους υγιεινής και για ΑμεΑ. Στη στάθμη του ισογείου ενσωματώνει διοικητικές χρήσεις της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ξάνθης, το αρχείο, αίθουσα υποδοχής, χώρους υγιεινής, κοινόχρηστους χώρους, προσβάσεις/ανελκυστήρα. Στον όροφο φιλοξενούνται εκθεσιακές ενότητες. Κάθε στάθμη καταλαμβάνει εμβαδόν 180 τ.μ.
-Το Κτήριο Β, στο υπόγειο εντάσσει αποθήκες, εργαστήριο συντήρησης, χώρους υγιεινής, κοινόχρηστους χώρους, προσβάσεις. Στο ισόγειο, στεγάζονται χώρος υποδοχής-εκδοτήριο, πωλητήριο, βεστιάριο, χώρος περιοδικών εκθέσεων, χώροι υγιεινής και για ΑμεΑ, ανελκυστήρας. Στον όροφο φιλοξενούνται εκθεσιακές χρήσεις. Κάθε επίπεδο αξιοποιεί χώρο εμβαδού 187,50 τ.μ.
