Η σύγχρονη μονάδα στο Αμάρι, είναι ένα πολύ σημαντικό έργο και πρόκειται για μια Ολοκληρωμένη Μονάδα Μηχανικής Διαλογής και Αναερόβιας χώνεψης, έργο το οποίο είχε προβλεφθεί από την Περιφέρεια Κρήτης στον Περιφερειακό Σχεδιασμό Διαχείρισης Αποβλήτων και υλοποιήθηκε σε συνεργασία με τον ΕΣΔΑΚ και το Υπουργείο Ανάπτυξης και Περιβάλλοντος.
Η μονάδα Μηχανικής διαλογής και αναερόβιας χώνευσης που κόστισε συνολικά €43,62 εκατ. , θα επεξεργάζεται 35.600 τόνους/έτος Αστικών Σύμμεικτων Αποβλήτων (ΑΣΑ) με τα πλέον σύγχρονα μέσα μηχανικής διαλογής και 7.400 τόνους /έτος προδιαλεγμένου οργανικού υλικού, ενώ παράλληλα θα παράγεται ενέργεια (συμπαραγωγή θερμικής – ηλεκτρικής ενέργειας) από το βιοαέριο της αναερόβιας χώνευσης των οργανικών αποβλήτων.