Γεννήθηκε το 1932 στην πόλη Μεδεγίν της Κολομβίας, γνωστή για τις κακόφημες συνοικίες της. Ο πατέρας του ήταν έμπορος και πέθανε ενώ ο Φερνάντο ήταν δύο ετών. Η πρώτη του επαφή με τη ζωγραφική προήλθε εξ ολοκλήρου από βιβλία και αντίγραφα. Στην ηλικία των δώδεκα ετών, παράλληλα με τις σπουδές του, άρχισε να εκπαιδεύεται ως ταυρομάχος, κατόπιν προτροπής κάποιου θείου του, ωστόσο δεν έδειξε ποτέ ιδιαίτερο ενδιαφέρον στην τέχνη της ταυρομαχίας.
Οι σκηνές των ταυρομαχιών, αποτέλεσαν όμως ένα από τα θέματα που επιχείρησε να αποδώσει στα πρώιμα έργα του, παράλληλα με αρκετές τοπιογραφίες, τις οποίες ζωγράφιζε στην ύπαιθρο.
Το φθινόπωρο του 1952 ο Μποτέρο εγκαταστάθηκε στη Μαδρίτη και γράφτηκε στην Ακαδημία του Σαν Φερνάντο για σπουδές στη ζωγραφική. Παρέμεινε στην ακαδημία για δύο εξάμηνα, μελετώντας παράλληλα τα κλασικά έργα που φιλοξενούνταν στο μουσείο του Πράδο και στη συνέχεια, αφού επισκέφτηκε για ένα διάστημα το Παρίσι, την καλλιτεχνική πρωτεύουσα στη δεκαετία του 1950, μετακόμισε στη Φλωρεντία, όπου γράφτηκε στην Ακαδημία του Αγίου Μάρκου.
Ο Μποτέρο επηρεάστηκε από το μοντέρνο κίνημα στο Μεξικό, αν και ο ίδιος δεν το ακολούθησε ποτέ πιστά, και σύντομα άρχισε να συνεργάζεται με επαγγελματικές γκαλερί και να διαπραγματεύεται εκθέσεις έργων του σε χώρες του εξωτερικού. Την ίδια περίπου περίοδο, ξεκίνησε να διαφοροποιεί τον όγκο των μορφών που απεικόνιζε στους πίνακές του, υιοθετώντας ογκώδεις και παραμορφωμένες φιγούρες, στοιχεία που τα επόμενα χρόνια θα συνιστούσαν το κύριο χαρακτηριστικό του έργου του.
Ένα από τα πρώτα έργα στα οποία εφάρμοσε την τεχνοτροπία αυτή, αποτέλεσε η Νεκρή φύση με μαντολίνο, το οποίο παρουσίασε στα τέλη του 1956 και τις αρχές του 1957, στα πλαίσια της συμμετοχής του σε μία έκθεση της Παναμερικανικής Ένωσης, που διοργανώθηκε στην Ουάσιγκτον. Στην Αμερική, ο Μποτέρο είχε επίσης την ευκαιρία να έρθει σε επαφή με τον Αφηρημένο Εξπρεσιονισμό και το έργο καλλιτεχνών όπως ο Τζάκσον Πόλοκ και ο Βίλεμ ντε Κούνιγκ.
Συλλυπητήριο μήνυμα έστειλε η υπουργός Πολιτισμού, Λίνα Μενδώνη για την απώλεια του Φερνάντο Μποτέρο τονίζοντας πως ήταν μια ξεχωριστή περίπτωση της μοντέρνας τέχνης.
Η Λίνα Μενδώνη δήλωσε πως «ο γλύπτης και ζωγράφος Φερνάντο Μποτέρο, με το αναγνωρίσιμο στιλ του, τις πληθωρικές φιγούρες του πάντα στο επίκεντρο των συνθέσεών του ήταν μια ξεχωριστή περίπτωση της μοντέρνας τέχνης, που όπως ο ίδιος έλεγε, διεύρυνε και δόξαζε τον αισθησιασμό της ζωής».
Η υπουργός Πολιτισμού συμπλήρωσε ότι «ο Φερνάντο Μποτέρο έχει μια ειδική σχέση με εμάς τους Έλληνες. Σύζυγος της γλύπτριας Σοφίας Βάρη επί 46 χρόνια η οποία έφυγε από τη ζωή τον Μάιο, αγάπησε την Ελλάδα, εργάστηκε εδώ, στο σπίτι τους στην Εύβοια και πολλά έργα του βρίσκονται σε ιδιωτικές συλλογές στη χώρα μας. "Αγαπώ πολύ την Ελλάδα, γιατί μου αρέσουν οι Έλληνες, η φιλοξενία και η ζεστασιά τους" έλεγε».
