Οι αρχές διέγνωσαν ανεξήγητη και εκτεταμένη παρεμβολή στο σύστημα, κάτι που ο ΥΠΑ χαρακτήρισε «πρωτοφανές περιστατικό» λόγω έκτασης και διάρκειας.
Εξ΄αιτίας αυτού όλες οι αναχωρήσεις από ελληνικά αεροδρόμια σταμάτησαν προσωρινά για λόγους ασφάλειας και οι επιβάτες σε πτήσεις με προορισμό Ελλάδα ταλαιπωρήθηκαν με καθυστερήσεις, ακυρώσεις και αλλαγές δρομολογίων.
Ο πάροχος ελέγχου εναέριας κυκλοφορίας εξέδωσε NOTAM («zero rate») για το FIR Αθηνών, πράγμα που σήμαινε ότι δεν επιτρέπονται νέες απογειώσεις ή προσγειώσεις μέχρι να αποκατασταθούν οι επικοινωνίες. Τα αεροπλάνα που βρίσκονταν ήδη στον αέρα προωθήθηκαν με ειδικές διαδικασίες ασφαλείας και σε πολλές περιπτώσεις προσγειώθηκαν με εναλλακτικό τρόπο χωρίς χρήση των κανονικών συστημάτων επικοινωνίας. Αργά το απόγευμα (~12:50–16:00) άρχισε η σταδιακή αποκατάσταση των συστημάτων τα οποία επανήλθαν σε πλήρη λειτουργία από τις 17:00.
Αξίζει να σημειωθεί ότι τα τελευταία χρόνια οι Έλληνες ελεγκτές εναέριας κυκλοφορίας έχουν επισημάνει τους κινδύνους που επιφυλάσσουν τα απαρχαιωμένα συστήματα με τα οποία καλούνται να ανταπεξέλθουν για την ασφαλή εξυπηρέτηση των πτήσεων στον ελληνικό εναέριο χώρο. Είναι χαρακτηριστικό ότι υπάρχουν περιπτώσεις ακόμη μη συμβατότητας μεταξύ των συστημάτων της χώρας με άλλες ευρωπαϊκές ή όμορες.
Σύμφωνα με τις τελευταίες αναφορές βασική αιτία θεωρείται τεχνικό σφάλμα στις ραδιοσυχνότητες των κέντρων ελέγχου (Athens & Macedonia ACC). Αναφέρθηκαν επίσης ενδείξεις παρεμβολών/«θορύβου» που εμπόδισαν τις επικοινωνίες, αλλά δεν έχουν επιβεβαιωθεί πλήρως τα αίτια (π.χ. σκόπιμη παρεμβολή ή απλά τεχνική βλάβη). Εξετάζονται στοιχεία και σε κεραίες στα Γεράνεια Όρη, όπου εντοπίστηκε βλάβη σε κρίσιμο εξοπλισμό.
