Στο Συμβουλίο της Επικρατείας είχαν προσφύγει ο Σύλλογος Ελλήνων Αρχαιολόγων, η Πανελλήνια Ενωση Συντηρητών Αρχαιοτήτων, ο Ενιαίος Σύλλογος Υπαλλήλων ΥΠΠΟΑ, ο Σύλλογος Εκτάκτων Αρχαιολόγων, το Πανελλήνιο Σωματείο Εκτάκτου Προσωπικού ΥΠΠΟΑ, η Ελληνική Εταιρεία Περιβάλλοντος και Πολιτισμού, η Χριστιανική Αρχαιολογική Εταιρεία, καθώς και από ιδιώτες.
Το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο έκρινε τα εξής:
-Ομόφωνα επιβεβαίωσε τη νομολογία του, ότι η αρχαιολογική νομοθεσία επιτρέπει τη μετακίνηση ακίνητου μνημείου, προκειμένου να κατασκευαστούν αμυντικά ή άλλα έργα ζωτικής σημασίας για το κοινωνικό σύνολο και ομόφωνα επανέλαβε, για ακόμη μια φορά, ότι οι εν λόγω εξαιρετικές προϋποθέσεις συντρέχουν στην περίπτωση του μετρό της Θεσσαλονίκης,
-Ομόφωνα έκρινε ότι αιτιολογείται νόμιμα η έγκριση της μελέτης απόσπασης και επαναφοράς, η υλοποίηση της οποίας ελέγχεται από τις αρμόδιες αρχαιολογικές υπηρεσίες και ότι νομίμως θεωρήθηκε ότι η μελέτη αυτή έπρεπε να εξειδικευθεί σε επόμενα στάδια, όπως και πράγματι συνέβη,
-Ομόφωνα έκρινε ότι οι ισχυρισμοί περί κατατεμαχισμού και αποδόμησης των αρχαιοτήτων δεν επιβεβαιώνονται ούτε από την εγκριθείσα μελέτη, ούτε από τον όλο φάκελο
-Με μειοψηφία τριών μελών, έκρινε ότι η διάρθρωση της μελέτης σε τεύχη (δημοπράτησης, σκοπιμότητας κ.λπ.), είναι περιττή σε αρχαιολογικές εργασίες που εντάσσονται σε ευρύτερα έργα ή σχέδια που χρηματοδοτούνται από άλλους δημόσιους ή επενδυτικούς φορείς, καθώς τα έργα αυτά υπόκεινται σε περιβαλλοντική αδειοδότηση με ευρείες διατυπώσεις δημοσιότητας και διαβούλευση με το κοινό, οι δε σχετικές αρχαιολογικές μελέτες και εργασίες υπόκεινται στον έλεγχο και την έγκριση του Υπουργείου Πολιτισμού και των υπηρεσιών του, σύμφωνα με την νομοθεσία.
